捷克高等教育包括三个阶段，第一阶段本科教育，学制3-4年，学生毕业后通过国家考试获得学士学位；第二阶段硕士教育，学制1-3年或 4-6年。其中已获得学士学位的学生学制为1-3年，长硕士学位课程（不以学士学位为前提）学制为4-6年。设立长硕士学位的专业有：医学、兽医、药学、法律等。这两种硕士学位课程都颁发硕士学位。第三阶段博士教育，学制3-4年，获得博士学位。

捷克高等教育分两种形式，一种为由大专和职业学校所提供的专业导向课程，学制3年，毕业生可获得毕业证，但不获得学位，捷克大专和职业院校约有175所；第二种为高等教育机构提供的高等教育课程。高等教育机构包括26所公立高校（Public Higher Education Institutions）、2所国立高校（State Higher Education Institutions）和39所私立高校（Private Higher Education Institutions）。公立大学和国立大学均依法设立，其中国立大学是隶属于国防部（国防大学）或内政部（警察学院）的国家机构；私立大学是相对新颖的办学形式，申请人及学校法人必须获得教育青年体育部授予的许可方可办学。

捷克高等教育法（The High Education Act）对高等教育机构的设立标准、设立程序、学历学位证书的颁发以及高等教育质量保障框架和措施作了相关规定。捷克高等教育认证委员会Accreditation Commission Czech Republic (ACCR)依据高等教育法建立，负责对捷克高等教育机构的教学质量和课程设置进行监督。